La réforme de la facturation électronique est largement commentée pour les TPE et PME. Mais les professionnels de santé libéraux ont une situation particulière : leurs actes sont facturés majoritairement à des patients (B2C), parfois à la CPAM (secteur public), parfois à des entreprises (B2B). Ces trois cas n'obéissent pas aux mêmes règles.
Ce guide vous aide à identifier précisément votre niveau d'obligation — sans généraliser ni sous-estimer.
La règle de base : B2B entre assujettis français
La réforme ne s'applique qu'aux transactions entre deux entreprises françaises assujetties à la TVA. Les actes médicaux ou paramédicaux facturés à des patients particuliers en sont donc exclus — vous continuerez à les facturer comme aujourd'hui.
Tout se joue sur la nature de votre client :
✅ Non concerné par l'e-invoicing
- Patient particulier
- CPAM / Sécurité sociale
- Hôpital public (→ Chorus Pro, déjà en place)
- Client à l'étranger
⚠️ Concerné par l'e-invoicing
- Entreprise privée (médecine du travail)
- Mutuelle / organisme privé d'assurance
- Clinique privée
- Autre professionnel de santé en société
- Collectivité en mode privé
Obligation universelle : la réception dès septembre 2026
Quel que soit votre profil, si vous êtes assujetti(e) à la TVA (même en exonération TVA sur les actes de soins, vous restez assujetti(e) au sens général), vous devez être en mesure de recevoir des factures électroniques de vos fournisseurs dès le 1er septembre 2026.
Concrètement : votre fournisseur de matériel médical, votre propriétaire si votre cabinet est en SCI, votre prestataire informatique… à partir de septembre 2026, ils pourront vous envoyer des factures au format électronique structuré. Vous devez avoir une plateforme agréée pour les recevoir.
⚠️ Exonération TVA sur les actes de soins ≠ non-assujettissement
Beaucoup de professionnels de santé pensent être hors champ parce que leurs actes de soins sont exonérés de TVA. C'est une confusion fréquente. L'exonération signifie que vous ne collectez pas de TVA sur ces actes — mais vous restez assujetti(e) à la TVA, notamment pour vos achats. La réforme de réception vous concerne donc.
Les cas qui vous exposent à l'e-invoicing complet
La médecine du travail et les prestations B2B
Si vous réalisez des visites médicales ou des bilans de prévention pour le compte d'entreprises privées (et non via un service de santé au travail public), ces prestations sont des transactions B2B entre assujettis à la TVA. Vous serez donc soumis(e) à l'obligation d'émettre des factures électroniques pour ces clients dès septembre 2027.
Les formations professionnelles
Kinésithérapeutes, psychologues, orthophonistes qui dispensent des formations à d'autres professionnels ou à des entreprises : ces actes sont clairement B2B. La réforme s'applique intégralement.
Les locations de locaux ou de matériel entre professionnels
Si vous sous-louez une salle de consultation, du matériel ou un équipement à un autre professionnel en société, cette transaction est B2B. Elle entre dans le champ de l'e-invoicing.
Chorus Pro : toujours pour le secteur public
Si vous avez des clients dans la sphère publique — hôpitaux, établissements de santé publics, collectivités territoriales — vous passez par Chorus Pro, le portail de facturation de l'État pour les marchés publics. Ce circuit reste distinct de la réforme B2B.
Le PPF (Portail Public de Facturation) qui servait de base à Chorus Pro a vu son rôle réduit à celui d'annuaire central pour les échanges privés depuis l'abandon de son volet facturation en octobre 2024. Pour le secteur public (B2G), Chorus Pro reste la référence.
✅ Ce que vous devez faire avant septembre 2026 (pour tout le monde)
Choisir et vous inscrire sur une Plateforme Agréée (PA) pour pouvoir recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs. La liste des PA est publiée sur impots.gouv.fr. Plusieurs sont gratuites pour les petits volumes — Tiime, Indy, et d'autres.
Tableau de synthèse selon votre situation
| Votre activité principale | E-invoicing émission ? | E-reporting ? | Réception ? |
|---|---|---|---|
| Soins 100 % patients particuliers | Non (B2C) | Oui (données ventes) | Oui (sept. 2026) |
| Soins + clients entreprises privées | Oui (partie B2B) | Oui | Oui (sept. 2026) |
| Formations professionnelles B2B | Oui (sept. 2027) | Oui | Oui (sept. 2026) |
| Hôpital / clinique publique uniquement | Chorus Pro (déjà) | Non (B2G) | Oui (fournisseurs) |
L'archivage : un point souvent oublié
La réforme renforce aussi les obligations d'archivage. Les factures électroniques devront être conservées pendant 10 ans (au lieu de 6 ans pour les factures papier). Vérifiez que votre solution de stockage (logiciel de gestion de cabinet, cloud, etc.) est conforme à cette durée.
Plan d'action pour un professionnel de santé libéral
- Étape 1 — Cartographier vos clients : Identifiez la part de votre facturation qui va à des patients (B2C), au secteur public (B2G via Chorus Pro) et à des entreprises privées (B2B). C'est cette dernière catégorie qui détermine votre niveau d'obligation.
- Étape 2 — Choisir une PA avant sept. 2026 : Même si vos actes sont principalement B2C, vous devez pouvoir recevoir des factures de vos fournisseurs. Inscrivez-vous sur une Plateforme Agréée gratuite.
- Étape 3 — Si vous avez des clients B2B : Vérifiez que votre logiciel de gestion de cabinet peut émettre en Factur-X ou s'intégrer à une PA avant septembre 2027.
- Étape 4 — Mise à jour de la mention franchise TVA : Si vous êtes en franchise en base, remplacez "art. 293 B du CGI" par "art. L.223-3 du CIBS" sur vos factures dès maintenant.
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Questions fréquentes
Je suis kinésithérapeute, mes patients paient directement. Suis-je hors jeu ?
Pour la partie e-invoicing (émission), oui — vos feuilles de soins et factures aux patients particuliers ne sont pas concernées. Mais vous devez quand même vous inscrire sur une PA pour recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs (prestataires, bailleur, etc.) dès septembre 2026. Et si vous avez le moindre client entreprise, cette partie-là entre dans le champ B2B.
La CPAM me rembourse directement. Est-ce du B2B ?
Non. La CPAM est un organisme de sécurité sociale (sphère publique). Les remboursements de la CPAM ne sont pas des transactions B2B au sens de la réforme. Ce circuit n'est pas concerné par l'e-invoicing privé.
Mon logiciel de gestion de cabinet va-t-il se mettre à jour automatiquement ?
Les principaux éditeurs de logiciels de santé (Doctolib, Maiia, HelloDoc, etc.) intègrent ou vont intégrer la conformité 2026-2027. Vérifiez avec votre éditeur sa feuille de route et la date de disponibilité de la mise à jour. Ne partez pas du principe que c'est automatique sans avoir confirmé.
Concrètement, laquelle choisir ?
Indy, Pennylane, Tiime, Qonto, Sage, Cegid, Sellsy : offre gratuite, tarif d'entrée et statut d'immatriculation comparés. Données vérifiées à la source DGFiP — quatre de ces plateformes ont une offre à 0 €.
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